甲市A公司（需方）与已市B公司（供方）签订了一份销售合同，标的金额400万人民币。合同约定的履行地为丙市某港口。此外，该合同还约定：“解决合同纠纷的方法及未尽事宜，由需方所在地的有关部门处理。”后货物分别运抵丙市某港口及丁市某港口。由于货物缺损及质量等问题，A公司与B公司发生纠纷。A公司已B公司为被告首发起诉，甲市某区人民法院受理该案，后甲市中院法院提审该案。此间，B公司也以A公司为被告诉诸丙市某区人民法院，后该院又将案件移送起上级法院。在本案中甲市法院与丙市法院发生管辖权争议时，应如何解决？