引起菌种污染的主要真菌类群有青霉、木霉、曲霉、毛霉、根霉和麦孢霉等。其中青霉呈淡蓝绿色。

一般指青霉属。为分布很广的子囊菌纲中的一属，和曲霉属有亲缘关系，有二百几十种，代表种是灰绿青霉，从土壤或空气中很易分离。分枝成帚状的分生孢子从菌丝体伸向空中，各顶端的小梗产生链状的青绿—褐色的分生孢子。已知在生理学方面类似曲霉属，同时有很多能产生毒枝菌素

毛霉菌丝分枝很多，无假根，在孢子囊梗的顶端生孢子囊，内生无性的孢子囊孢子。有性生殖形成接合孢子。腐生于食物、粪堆、土壤和潮湿的衣物上。毛霉有分解纤维和蛋白质的作用，不少种类能将淀粉分解为糖，发酵工业上即利用其糖化作用制造酒精等。酒曲中常有毛霉存在。

用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。